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Die Geschichte des Instituts Ciliota hat weitgehende Urspruenge. An diesem Ort gab es schon ein Oratorium aus Holz, der heiligen Susanna gewidmet. Das Institut wurde von der kleinen Nachbarschule von der Fraterna di S. Rocco geleitet.
Im Jahr 1484, waehrenddem sich die Pest verbreitete, wurde das Ciliota mit einigen anliegenden Haeusern an die Nonne Chiara des Klosters Santa Margherita in Torcello uebergeben. Auf dieser Weise war es moeglich eine neue Schule zu bauen. Als Beweis für die Verbindung mit der Schule und der Hingabe an den Heiligen (dessen Körper wurde von der Bruederschaft erhalten), gibt es ein Relief vor dem Eingang des Instituts.